1.牽頭全市地表水生態環境監管工作。擬訂並組織實施全市水生態環境政策、規劃、法規、規章、製度、標準及規範。擬訂並監督實施全市重點流域水汙染防治規劃、飲用水水源地水環境保護計劃和重點行業企業水汙染防治規劃計劃。擬訂並監督實施水功能區劃和水環境功能區劃。

2.組織開展核定水域納汙能力，提出限製排汙總量的意見。牽頭組織開展水環境承載力評估。監督指導入河排汙口設置。

3.統籌協調全市重點流域生態環境保護工作和長江保護修複攻堅戰相關工作。監督管理飲用水水源地水生態環境保護、重大工程水生態環境保護和水汙染源排放管控工作。

4.承擔工業汙染源水汙染防治具體監管工作。牽頭負責水汙染物排放為主的行業綜合整治提升工作。參與指導農業麵源水汙染防治。牽頭落實小城鎮環境綜合整治、水環境汙染第三方治理相關工作。

5.承擔水汙染物排汙許可、總量控製和汙染減排、排汙權交易、水環境重點排汙單位確定等的具體工作。

6.組織實施跨行政區域水體交接斷麵水質考核製度。指導協調流域水環境異常事件處置工作。參與重大和跨區域水環境汙染處置。

7.負責全市近岸海域生態環境監管工作，監督陸源汙染物排海，監督指導入海排汙口設置。承擔杭州灣汙染防治相關工作。

8.承擔錢塘江、富春江、新安江、蘭江、新安江水庫和富春江水庫工作河（湖）長製日常工作，參與苕溪、餘杭塘河、上塘河、京杭運河、西塘河等市級河道（湖泊）的河長製、湖長製工作。

9.聯係協調市美麗杭州建設領導小組“五水共治”（河長製）辦公室工作，承擔市飲用水源保護工作領導小組辦公室和市治汙水（清水治汙）協調小組辦公室、錢塘江河長製辦公室的日常工作。

10.承擔調查處理本處職能範圍內的人大代表建議、意見和黨代表、政協委員提案及生態環境信訪，整改回複涉及本處職能範圍內社會評價意見。

11.承擔與本處工作職責相關的調研、信息公開、信息、統計、監督、檢查，指導業務培訓、考核工作。

12.完成局領導交辦的其它工作。