早在元代（1284年），中亞薛迷思幹（前蘇聯撒馬爾罕）的馬薛裏吉思就在杭州薦橋門建造大普興寺。田汝成《西湖遊覽誌》卷十三有“清波門在城東，宋名崇新門，俗稱薦橋門”這是基督教的遠東支派景教傳入杭州的最早記錄（至順鎮江至卷九）。近代基督教傳入杭州是在太平天國時期，以寧波為入口漸次進至杭州。
杭州市基督教團體有：杭州市基督教三自愛國運動委員會、杭州市基督教協會。
